一、本书以民国廿六年（1937年）姜佐景医庐铅印本为底本重加校勘。在整理过程中，对原书中部分与曹氏经方验案无甚关连的冗繁杂说作了必要的删节与（如卷首删却了诸题词、《本书读者评语之一斑》与《医圣张仲景赞》，将“曹颖甫先生方笺”与曹氏亲笔手书“经方实验录序”置书前插页；附录部分删却了第一至第十三篇内容，仅余《本书第一集的检阅和第二集的展望》），其余顺序仍依原书排列。
二、本书以点校为主，凡书中明显刊刻错误，或径改，或于文后加注；对个别难懂字词亦酌加注释；并按在文中出现的先后次序排列在卷末细横线之下。
三、原书系繁体字本，今一律晚为规范的简化字；通假字或异体字，或径改，或予保留，并在点校栏中加以说明。
四、原书系竖排本，现易为横排本，依照惯例，书中的“右”或“左”字，一律改为“上”或“下”字。
五、为保持原著面貌，药名、处方名及用量，原则上照原书不改，新旧剂量换算，请参照书后附录。
六、为尊重作者处方原样，书中出现犀角、牛黄等国家级保护动物药，仍予保留，读者临证时可处以相应的替代品。
七、原书内容分医案、处方、曹注、姜按等几个部分、为方便读者阅读与辨识，编者采取不同字体、字号加以区别。
八、书中的一些观点与提法，有的带有明显的时代局限性，但为保持原著的完整性，本次均不作删改，希读者研读时有分析地加以取舍。