《统合生物学纲要》突破传统的“思维定势”，利用自组织理论、非线性理论等新工具，并借鉴相关学科的新思想和新概念，对生物学概念、方法和理论进行了重新梳理，提出生物学的理论统一在生理过程上是整合，而跨尺度的结构统一应该是“统合生物学”。并以此为基础，构建了一个新的生物学理论体系。