《捍卫中医》比较系统地介绍了“取消中医事件”不断升级的历史过程，展现了中医、西医、中西医结合人员，以及哲学界、科技界、政府部门，团结合作，共同反击“取消中医”错误行为的严正立场和有关论述，客观地记录了这一历史事件。

第一部分 拉开网络论战的序幕. 1.李恩教授告诉我：张功耀来了 附1驳《告别中医中药》 附2 《中西医结合的创新思路在于发扬中医学术思想》 2.朱良春先生说：论战可分阶段 附 《21世纪中医的任务及展望》 3.邓铁涛教授说：要告别民族虚无主义 附 《人类不能没有中医》 4.贾谦研究员说：我一直关注 附解读贾谦先生《走出误区，重铸中华医魂(2005总报告)》 5.刘智利编辑说：马上发 附 《不能放任张功耀(告别中医中药)泛滥》 6.徐承本教授说：我也不同意他的观点 附 《不能告别中医中药》 7.余瀛鳌研究员告诉我：为何选择中医第二部分 不断升级的取消中医言行 1.网络辩论不断升级 附 《请换一个角度看中医》 2.张功耀引来远在美国的王澄 附1 《驳王澄给中医大学学生的一封信》 ——与中医药大学、中医学院同学谈国外中医 附2 《评王澄对于中医的错误认识》 附3 《王澄看中医横竖不顺眼》 3.发现张功耀史学研究的重要缺陷 附 《张功耀为何误读了科技史》 4.张功耀《给全国网络读者的公开信》出笼 5.回答张功耀提出的八个问题 附 《答张功耀：中医是什么样的医学》 6.结识网友，得道多助 7.张功耀开博客专门反中医 8.在《和讯》访谈时击溃进攻 9.网络签名取消中医 10.政府表态形势扭转第三部分 世人重新认识中医 1.伪科学打不倒科学中医 2.大众媒体关注中医 3.人民政府力挺中医 4.哲学帮助中医登高望远 5.法律保障中医权益 6.正确认识科学与中医的关系