《东亚地区合作:2009》分为上下两篇。上篇主要讨论东亚地区合作机制。我们选定了东盟共同体、东盟与中日韩合作机制(10+3)、东盟分别与中国、日本、韩国建立的“10+3”合作机制、中日韩合作机制、东亚峰会、东盟地区论坛、大湄公河次区域合作机制和亚太经合组织等八个机制。由于这是东亚研究中心第一本东亚地区合作的年度报告，我们对每一种机制的发展历程都做了简要的回顾。但重点是讨论这些机制在2009年的合作情况。我们也尽量客观地探讨了这些机制存在的问题及其应对方案。
下篇则是对东亚地区热点问题的分析。讨论范畴包括金融危机、东亚自贸区、朝核问题、美国因素、日本的“东亚共同体”构想、澳大利亚的“亚太共同体”倡议，以及印度与东亚的合作。由于这些热点问题直接影响到东亚地区合作，所以下篇中文章的重点是对这些热点问题进行比较深入的分析。这些文章反映了研究人员对热点问题的紧密追踪、对相关问题的长期思考以及对东亚地区合作的一些基本观点。