《清代吴派学术研究》分为绪论、正文和结语三个部分。绪论部分对研究对象、写作思路和选题意义作了一定说明，并简要回顾了学界研究状况。结语对正文记述进行总结概括。正文内容大致包含吴派学人（域）的个案研究、吴派治学风格与特点以及吴派学术的辐射与回响三个层面，分七个章节展开论述。