《环境微生物学》全书共分3篇。第1篇为微生物的基础知识，介绍环境中的微生物类群、微生物的营养、生长和遗传以及微生物生态与含碳、氮、磷、硫等物质转化的关系；第2篇为微生物在环境污染治理中的作用，该部分在阐述微生物对环境中有机污染物转化降解的基础上，系统介绍了微生物在污水、废气、固体废弃物及土壤污染的生物治理原理、方法和技术等，并简要介绍了废弃物的处理及资源化、环境污染的生物监测以及土壤污染治理及环境监测中的应用，以及微生物学新技术在环境保护中的应用等内容；第3篇为实验，包括普通微生物学和环境微生物学部分，使学生学会微生物学的基本操作和环境中微生物的监测技术。