《云南生物多样性及其保护研究》还对云南生物多样性与生态环境问题进行了分析，阐述了传统文化与生物多样性的关系，传统知识在保护生物多样性中的地位和作用，云南生物多样性优先重点保护的区域和重点保护的对象、保护的策略与方法。
《云南生物多样性及其保护研究》内容主要包括云南生物多样性形成的地理背景，景观多样性、生态系统多样性主要类型和空间分布格局，以及物种多样性系统构成与分布和动植物区系组成特征；云南生物地理分区、各分区的特征及其分异的规律性；云南鸟类保护与环志站、云南生物多样性保护信息系统的建设。