《太湖水资源水环境研究》共包括四个部分：第一部分为综论，着重分析了太湖水资源系统的特征及其修复策略；第二部分为太湖及太湖流域水资源分析，涉及太湖水资源调节模型及其应用、洪涝及其模拟以及流域城市化的降雨效应等；第三部分为太湖及太湖流域水环境分析，涉及太湖流域水环境及其演变以及农业非点源污染、网围养殖污染、城市水污染、工业企业污染机理等分析方面；第四部分为太湖治理的经济、管理及政策研究，涉及太湖水污染损失及政策效应、太湖管理权分割及对策以及流域排污权交易设计等方面。