《吐鲁番学新论》主要内容包括：吐鲁番学的研究和发展、出土文书、吐鲁番出土汉语文书中所见伊朗语地区宗教的踪迹、阿拉沟古堡及其出土唐（瞿鸟）鹆镇文书、鄯善县新发现的一批唐代文书、俄藏“揖王入高昌城事”文书所系史事考等。