《环境微生物研究方法与应用》概述了环境微生物的最新研究方法、在环境污染治理中的应用及环境微生物在工农业生产过程中节能减排的先锋作用。内容主要包括三大部分：第一部分为环境微生物基础知识（一至三章），介绍了环境微生物资源、环境微生物生态学、环境微生物营养代谢及环境微生物在地球化学循环中的作用等知识；第二部分是环境微生物分析方法（四至五章），主要介绍了环境微生物分析方法在环境微生物研究中的重要性、传统环境微生物分析方法的特点及不足，以及现代环境微生物分析方法的原理、操作步骤、注意事项、常见问题分析和具体应用等；第三部分是环境微生物在环境污染治理中的应用（六至八章），这部分内容既有环境微生物在传统领域应用中的一些最新研究进展，也有环境微生物在资源与能源替代和开采方面的探索，较为全面地介绍了环境微生物在经济可持续发展、环境安全与保护等方面的作用。