《DNA和蛋白质序列数据分析工具》全书共分9章。第1章，阐述序列比较的核心方法，即运用BLAST和ClustalX等工具做序列比对。第2章，重点介绍核苷酸序列分析工具，主要包括：基因可读框的识别，CpG岛、转录终止信号和启动子区域的预测分析，用mRNA序列预测基因等。第3章，介绍电子克隆的概念和具体操作方法。第4章，用MEGA4做分子进化遗传分析，绘制系统进化树，为研究基因进化打好基础。第5章，对蛋白质基本理化性质、二级结构、结构域和三维空间结构、预测目标蛋白的生物学功能等工具做逐一介绍。第6章，通过Gene Ontology和KEGG两个数据库，挖掘基因和蛋白质的功能并做代谢途径分析。第7章，利用X!Tandem软件鉴定蛋白质的串联质谱数据，进而预测蛋白质；同时借助TPP软件包进行蛋白质组学数据统计学分析，优化检索结果。第8章，使用TqVl4软件实现芯片的数据采集和标准化处理，并借助GenMAPP软件挖掘芯片数据的生物学意义。第9章，通过Cytoscape软件演示，介绍系统生物学分析概况，展示蛋白质-蛋白质相互作用，应用插件做网络结构分析。书后附有专业词中英文对照。