《环境微生物学(上下册)》对微生物的基础知识、微生物的分布、微生物的检测方法、微生物作用下有机物和金属的归宿、微生物活动对环境的影响、病原微生物的传播等做了介绍。《环境微生物学(上下册)》介绍了当前环境微生物学的一些前沿性的研究内容，内容丰富、覆盖面广，对微生物学基础知识则没有介绍，在阅读《环境微生物学(上下册)》前，需要了解有关方面的基础知识。