《城乡要素流动和中国二元经济结构转换》分为三大块内容：理论方法篇、实证分析篇和实践探讨篇。理论方法篇是由第一章至第四章共4章内容构成。第一章阐述了统筹城乡发展与二元经济理论的关系，归纳了当前中国“三农”问题的突出表现和城乡关系变化的新特点，明确了由城乡生产要素流动和优化配置入手来研究中国二元经济结构转变的新思路。第二章介绍了可计算一般均衡模型(CGE)的理论渊源、结构特征及其在国内外的应用，采用这一分析工具和溯寻城乡要素流动来研究中国二元经济结构转换之间的联系，并整理了可纳入实证分析的中国“三农”问题清单及基本的政策模拟方案等内容。