《致和穷理:大学发展的多维探索》主要采用三种研究方法：理论、比较与案例研究。理论分析主要是借鉴战略研究的有关理论，在厘清历史真相与当前现实的基础上，检讨各国各地区大学发展的经验得失，明确自身的优势与不足及其环境存在的机遇与威胁，进而实现理论上升。比较研究就是通过对不同区域（国家或地区）的大学及其相关要项的比较，明确各自的异同或优劣，以求“知己知彼”。案例研究就是选取有代表性的个案进行深入分析，“懈剖麻雀”。在采用这三种研究方法的过程中，都可能根据需要进行必要的统计分析。以便得出有数据支持的结论或建议。通常的研究程序表现为：在完成研究设计的基础上进行案例分析，再进行比较研究，最后完成理论归纳。当然写作进程则可能完全与之相反。概言之，《致和穷理:大学发展的多维探索》多数研究是不同方法组合应用的结果。