《中华人民共和国海关进出口商品规范申报目录》采用了与《中华人民共和国进出口税则》（以下简称《税则》）一致的结构，所列商品按照类、章层次排列。除了《税则》中已有的类注释、章注释外，为了准确理解对商品规范申报的要求，在相关章前对该章的共性问题用“注解”加以说明。在使用《中华人民共和国海关进出口商品规范申报目录》时，首先应阅读各章的注解，再查阅具体商品对应的规范申报内容。
《中华人民共和国海关进出口商品规范申报目录》正文由“税则号列”、“商品名称”、“申报要素”、“说明举例”栏组成。
《中华人民共和国海关进出口商品规范申报目录》的“税则号列”栏及对应的“商品名称”栏所列内容分别与《税则》的“税则号列”栏所列相应编码及“商品名称”栏所列相应内容相同。
《中华人民共和国海关进出口商品规范申报目录》对不同商品设置了特定的申报要素内容。报关单中的“商品名称、规格型号”栏应当按照《中华人民共和国海关进出口商品规范申报目录》中相应商品所列“申报要素”的各项内容填写。
《中华人民共和国海关进出口商品规范申报目录》属于结构性目录，其中所列商品按照不同位数编码所代表的层次进行排列，当某一层次编码商品所要求的申报要素与上一层次编码商品的申报要素相同时，则该商品的“申报要素”栏为空白，此时应使用上一层次编码商品的申报要素内容。例如：编码0101.1010所列商品对应的“申报要素”栏为空白，说明其申报要素与上一层次编码01。01所列商品申报要素相同，故应使用编码01.01商品所列的申报要素内容。
《中华人民共和国海关进出口商品规范申报目录》中的“说明举例”栏主要列有正确填报的实例，在实际申报中可供参考。该栏目还列有部分易混淆商品的内容。