《横断山不横断:追寻云南千年农耕的足迹》的结构分为三部分：第一部分是绪论，依据考古实证，特别是剑川海门口史前遗址的考古发现，追溯云南农耕文化的源流，说明云南是中华文化的发祥地之一；第二部分由除绪论、结语外的六个板块组成，紧扣“云南农耕文化”这一主线，阐发孕育云南农耕文化的自然人文环境，叙写最能凸显云南农耕文化的稻作、普洱茶、三七、花卉以及虽从远方泊来却已深深融入云南农耕文化中的玉米、烟草和马铃薯等作物，揭示植根红土地、荟萃多样性云南农耕文化的发展历程；第三部分是结语，表述笔者对云南农耕文化当代价值及历史局限的评价，并在迈向生态文明的思考与探究中，展望绿色农业——云南农耕文化的回归与升华。
书中配用了图片，意在为文字叙写与评说提供佐证，并增加更多的阅读趣味。