《城市学:理论•方法•实证》共分11章，第1～2章对城市及城市学进行哲学思考和基础理论的阐述；第3章通过对华夏早期城市、两河流域城市的叙述来探讨城市的起源；第4章以定量分析的方法研究城市与地理空间及生态条件的关系；在第5章社会与城市中，对城市底层弱势群体给予较多的关注；第6章对城市内禀的相互关联的8个方面进行了论述；第7—10章以银川平原、兰州一西宁地区、天山北麓3个城镇区域与PREE的共轭涨落、网络结构、超循环体系和协同演化等进行了定量分析；第11章从景观的视角阐述城市之美。