《神秘的旅伴》讲述了在解放初期的云南边境，特务以赶马帮作掩护，将一批军火送到境内。上级派冯廷贵和朱林生化装成赶马人跟踪侦察。在打探消息的过程中得到马帮中一位彝族小姑娘小黎英的帮助，朱林生也与她产生了爱情。经过一系列的跟踪与反跟踪的敌我较量后，这伙特务全部落入法网。