《儒教问题研究》从四个方面对儒教问题进行了研究：（一）“儒教问题与中国哲学”部分，是从一般哲学和一般宗教学的层面上研究宗教问题与“儒教”问题的理论成果。（二）“儒教问题与当代‘儒教’评论”部分，是对当代“儒教”问题的一场争论的著名代表人物的观点的分析评论。（三）“儒教问题与生活儒学”部分，是根据作为当今重要儒学派别的“生活儒学”的观念，来对“儒教”问题进行的思想理论探索。（四）“儒教问题与当前‘儒教’批评”部分，可以说是当前最新一轮“儒教”问题争论的忠实记录。

一、儒教问题与中国哲学
论哲学与宗教中的超越与信念
论“超越”与中国“三教”的超越方式
关于佛道儒的“宗教超越性”问题
论哲学与宗教的超越观念
——评“儒教”说与“内在超越”说
二、儒教问题与当代“儒教”评论
首届全国儒教问题研讨会上的主持语与发言
儒教与形而上学问题
——对鞠曦、陈明、蒋庆的评论
三、儒教问题与生活儒学
儒教论纲
——儒家之仁爱、信仰、教化及宗教观念
生活儒学的儒教观念
诚者何罪？
——《（中庸）君子论》评议
四、儒教问题与当前“儒教”批评
反求诸己：儒者何为
——关于曲阜拟建基督教堂事件的几点思考
儒家自有教法，不宜效法宗教
——关于当前“儒教”问题的几点看法
再论当前“儒教”问题
——对陈勇先生回应之回应
就当前“儒教”问题致陈勇先生
《庚寅“儒教”问题争鸣录》前言
质问“儒教”：儒者何为？
五、附录
预设的概念（译文）
后记