《萧公权政治思想研究》是采用政治学的原理和观点来分析萧公权的政治思想。政治思想史研究是历史学专业与政治学专业的共同主题，但是由于所受学术训练不同，历史学者与政治学者在政治思想的研究方法上有根本的区别：前者注重历史研究，后者注重政治学原理的运用。作为一名政治学者，选择运用政治学的原理来分析萧公权的政治思想，可以说是笔者的一种偏好。

正因此，《萧公权政治思想研究》首先要避免将萧公权的政治思想写成思想评传，而是寻找萧公权学术思想中与政治学有关的几个主题词，并试图探寻这些主题词之间的逻辑关系，从而把握萧公权政治思想中的基本脉络。再者，萧公权学术研究非常广泛，涉及政治学、历史学等多个领域，而其学术生涯后期的研究领域则主要在历史学方面，因此评传式的研究方法适合对他的学术进行整体研究，但是不适合放在政治思想这个主题上，如果这样的话，萧公权后期史学研究背后的政治意涵也就很难把握了。