《衣原体》分为三大部分，包括三篇共三十七章：第一篇为总论，从衣原体的研究基础角度出发，介绍了衣原体与宿主的相互作用、宿主对衣原体感染的反应及衣原体感染的特异性诊断与防治方法；第二篇为各论，比较全面系统地介绍了十余种对人和动物致病的衣原体的基本生物学性状、致病机制、病原学诊断及防治的基本手段和措施；第三篇为衣原体的实验室诊断，从细胞、基因及分子水平介绍了衣原体学研究的常用方法。
吴移谋主编的《衣原体》突出反映了近年来国内外衣原体研究领域的最新进展，如新发现的衣原体、衣原体基因组学、衣原体Ⅲ型分泌系统、衣原体感染与细胞凋亡等。因此，本书对从事衣原体研究者具有指导性、可操作性和可参考性，除可作为高等院校本科生和硕士生的参考书外，也是一本指导临床诊断和防治衣原体的有益工具书。