《李贽儒学思想研究》以李贽儒学思想进程为纵线，儒教社会政治、经济、教育、文化、学术、社会生活等内容为横线，历史地、具体地考察了儒教社会与李贽儒学思想的关系，全面展现了儒教社会以及李贽儒学思想的原貌和全貌。
第一、二章全面考察了李贽儒学思想对体制化、八股化程朱理学的批判；第三、四章说明了阳明学及其后学，尤其是王畿、罗汝芳对李贽儒学思想形成的影响；第五、六章展现了李贽与骆问礼、耿定向等抱持正统儒学、儒教观念者的正统异端之辨；第七章比较了李贽妇女思想与儒学正统妇女观的异同；第八章全面辨析了李贽经史之学，尤其是《道古录》、《九正易因》、《藏书》所体现出的正统和异端内容，说明了李贽自认尊孔，但以儒教社会正统观念来看，实则反孔。全书最后提出了汉代至清末的中国传统社会，是以礼教为核心内容、儒家经史之学为载体、现实教育教化为旨归的儒教社会。