《全国高等医药院校药学类规划教材·有机化学学习指导》的章次与教材《有机化学》大体一致。每章由内容提要、难点释疑、例题解析、习题及参考答案组成。《全国高等医药院校药学类规划教材·有机化学学习指导》还包括《有机化学》一书全部练习题和习题的答案。为使知识深化和融汇贯通，《全国高等医药院校药学类规划教材·有机化学学习指导》增编了《有机化合物结构推导》和《有机合成》两章。
内容提要是对每章重要内容作简单的小结，以便起到复习和巩固作用，使学生进一步掌握基本知识和基本理论、弄清概念。这些都是推理、知识灵活运用及从已有知识获得新知识的基础。难点释疑是对学生颇感困难的问题进行解疑释难，指出关键点所在以加深对概念的理解，提高学习兴趣，活跃思维。例题解析则以精选典型例题作解题示范，寓思路于解题中，有良好的导向性。它能帮助学生进一步弄清重点和难点，使难懂和容易混淆的概念变得清晰。习题对基础课来说，它是学生掌握和灵活运用已学过的知识，并使之得到巩固和加深的有效方法，通过练习把书本知识变成自己的知识并系统化。习题答案供自学参考。有机化学习题答案常常不是只有一个，有机合成题更是这样。