《尚书新笺与上古文明》的编排以传世《尚书》文本的时代篇目先后为序，每篇以一个自然段为一个注解单位。每一大段皆简要说明段意，方便读者理解篇章结构。各篇注解详细的语言分析和篇末史料价值的简要述评，体现了《尚书新笺与上古文明》的写作特色和学术特点。