《清华故事》定位于发掘清华大学百年历史中能够体现清华精神和文化内涵的经典故事，以此来阐释清华传统，传承清华精神，同时作为在校研究生群体奉献给百年校庆的一份贺礼。全书共十几个专题，涵盖了红与专、文与“武”、通识与专识、教师与学生、集体与个人、为学与为人、国家需要与个人发展等众多辩证统一的命题。每个专题以若干小故事作为支撑。这些故事既有年代久远、影响广泛的，也不乏产生于新时代的鲜活内容，使各个年龄层的读者觉得亲切可感。