《中国财政透明度报告(2012)》在《中国省级财政透明度评估》中，项目组对原调查提纲进行了局部微调；在《中国省级行政收支及相关信息透明度评估》中，项目组沿用了2011年的调查提纲；在《中国政府部门预算透明度评估》中，项目组依据的是2012年新设计的调查提纲。依据三份调查提纲，项目组通过信息公开申请、网络及出版物等搜集相关信息。在搜集及统计信息的基础上，项目组按照事先设定的评分标准，分别对省级财政、省级行政收支、政府部门预算进行了透明度评分，并按照评分的高低进行了排序。